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PYTHON生物信息学数据管理_卢宏超译_2017年_PDF扫描版

基本信息

书名:Python生物信息学数据管理

定价:69元

作者:(意)Allegra Via (阿莱格拉 维亚) 等著,卢宏超 等译

出版社:电子工业出版社

出版日期:2017-01-01

ISBN:9787121303821

页码:318

版次:1

编辑推荐


生命科学学院的Python课程教材,适合本科教学或行业人士的Python短期培训。

内容提要


本书实例意在解决生物学问题,通过“编程技法”的形式,涵盖尽可能多的组织、分析、表现结果的策略。在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目,适合教学和自学。本书由六部分组成:Python语言基本介绍,语言所有成分介绍,高级编程,数据可视化,生物信息通用包Biopython,*后给出20个"编程秘笈”,范围涵盖了从二级结构预测、多序列比对到蛋白质三维结构的广泛话题。此外,本书附录还包括了大量的生物信息常用资源的信息。

目录


部分入门
第1章Python shell
1.1本章知识点
1.2案例: 计算ATP水解的ΔG
1.2.1问题描述
1.2.2Python会话示例
1.3命令的含义
1.3.1如何在电脑上运行这个例子
1.3.2变量
1.3.3导入模块
1.3.4计算
1.4示例
1.5自测题
第2章个Python程序
2.1本章知识点
2.2案例: 如何计算胰岛素序列中的氨基酸频率
2.2.1问题描述
2.2.2Python会话示例
2.3命令的含义
2.3.1如何执行程序
2.3.2程序如何工作
2.3.3注释
2.3.4字符串变量
2.3.5用for进行循环
2.3.6缩进
2.3.7打印至屏幕
2.4示例
2.5自测题
部分小结
第二部分数 据 管 理
第3章分析数据列
3.1本章知识点
3.2案例: 树突长度
3.2.1问题描述
3.2.2Python会话示例
3.3命令的含义
3.3.1读取文本文件
3.3.2写入文本文件
3.3.3将数据收入列表
3.3.4将文本转换为数字
3.3.5将数字转换为文本
3.3.6将数据列写入文本文件
3.3.7计算数值列表
3.4示例
3.5自测题
第4章解析数据记录
4.1本章知识点
4.2案例: 整合质谱数据, 转化到代谢通路中
4.2.1问题描述
4.2.2Python会话示例
4.3命令的含义
4.3.1if/elif/else语句
4.3.2列表数据结构
4.3.3简洁列表创建方式
4.4示例
4.5自测题
第5章搜索数据
5.1本章知识点
5.2案例: 将RNA序列翻译为相应的蛋白质序列
5.2.1问题描述
5.2.2Python会话示例
5.3命令的含义
5.3.1字典
5.3.2while语句
5.3.3用while循环搜索
5.3.4字典搜索
5.3.5列表搜索
5.4示例
5.5自测题
第6章过滤数据
6.1本章知识点
6.2案例: 使用RNAseq输出数据
6.2.1问题描述
6.2.2Python会话示例
6.3命令的含义
6.3.1用简单的for...if组合过滤
6.3.2合并两个数据集
6.3.3两组数据之间的差异
6.3.4从列表、 字典和文件中删除元素
6.3.5保持或不保持顺序地删除重复
6.3.6集合
6.4示例
6.5自测题
第7章管理表数据
7.1本章知识点
7.2案例: 确定蛋白浓度
7.2.1问题描述
7.2.2Python会话示例
7.3命令的含义
7.3.1二维表的表示方法
7.3.2访问行和单元格
7.3.3插入和删除行
7.3.4访问列
7.3.5插入和删除列
7.4示例
7.5自测题
第8章数据排序
8.1本章知识点
8.2案例: 数据表排序
8.2.1问题描述
8.2.2Python会话示例
8.3命令的含义
8.3.1Python列表有利于排序
8.3.2内置函数sorted()
8.3.3用itemgetter排序
8.3.4按升序/降序排序
8.3.5数据结构(元组、 字典)排序
8.3.6按长度对字符串排序
8.4示例
8.5自测题
第9章模式匹配和文本挖掘
9.1本章知识点
9.2案例: 在蛋白质序列中搜索磷酸化模体
9.2.1问题描述
9.2.2Python会话示例
9.3命令的含义
9.3.1编译正则表达式
9.3.2模式匹配
9.3.3分组
9.3.4修改字符串
9.4示例
9.5自测题
第二部分小结
第三部分模块化编程
第10章将程序划分为函数
10.1本章知识点
10.2案例: 处理三维坐标文件
10.2.1问题描述
10.2.2Python会话示例
10.3命令的含义
10.3.1如何定义和调用函数
10.3.2函数参数
10.3.3struct模块
10.4示例
10.5自测题
第11章用类化繁为简
11.1本章知识点
11.2案例: 孟德尔遗传
11.2.1问题描述
11.2.2Python会话示例
11.3命令的含义
11.3.1用类创建实例
11.3.2类以属性的形式包含数据
11.3.3类包含的方法
11.3.4__repr__方法可打印类和实例
11.3.5使用类有助于把握复杂程序
11.4示例
11.5自测题
第12章调试
12.1本章知识点
12.2案例: 程序无法运行时应该怎样处理
12.2.1问题描述
12.2.2Python会话示例
12.3命令的含义
12.3.1语法错误
12.3.2运行时错误
12.3.3处理异常情况
12.3.4未报告出错信息
12.4示例
12.5自测题
第13章使用外部模块: R语言的Python调用接口
13.1本章知识点
13.2案例: 从文件中读取数据, 并通过Python使用R计算其平均值
13.2.1问题描述
13.2.2Python会话示例
13.3命令的含义
13.3.1rpy2和r实例的robjects对象
13.3.2从Python中读取R对象
13.3.3创建向量
13.3.4创建矩阵
13.3.5将Python对象转换成R对象
13.3.6如何处理包含点的函数参数
13.4示例
13.5自测题
第14章构建程序流程
14.1本章知识点
14.2案例: 构建NGS流程
14.2.1问题描述
14.2.2Python会话示例
14.3命令的含义
14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks
14.3.2什么是程序流程
14.3.3在程序中交换文件名和数据
14.3.4编写程序包装器
14.3.5关闭文件时的延迟
14.3.6使用命令行参数
14.3.7测试模块: if__name__=='__main__'
14.3.8处理文件和路径
14.4示例
14.5自测题
第15章编写良好的程序
15.1本章知识点
15.2问题描述: 不确定性
15.2.1程序编写存在不确定性
15.2.2程序项目实例
15.3软件工程
15.3.1将编程项目分成小任务
15.3.2将程序分为函数和类
15.3.3编写格式良好的代码
15.3.4使用存储库控制程序版本
15.3.5如何将自己的程序分发给其他人
15.3.6软件开发的周期
15.4示例
15.5自测题
第三部分小结
第四部分数据可视化
第16章创建科学图表
16.1本章知识点
16.2案例: 核糖体的核苷酸频率
16.2.1问题描述
16.2.2Python会话示例
16.3命令的含义
16.3.1matplotlib库
16.3.2绘制竖的柱状图
16.3.3为x轴和y轴添加标注
16.3.4添加刻度
16.3.5添加一个图例框
16.3.6添加图的标题
16.3.7设置图表的边界
16.3.8以低分辨率和高分辨率导出一个图像文件
16.4示例
16.5自测题
第17章使用PyMOL创建分子图像
17.1本章知识点
17.2示例: 锌指
17.2.1什么是PyMOL
17.2.2PyMOL会话示例
17.3用七个步骤来创建高分辨率的图像
17.3.1创建一个PyMOL脚本文件
17.3.2加载和保存分子
17.3.3选取分子的局部
17.3.4为每个选取选择展现形式
17.3.5设置颜色
17.3.6设置摄影位置
17.3.7导出高分辨率图像
17.4示例
17.5自测题
第18章处理图像
18.1本章知识点
18.2案例: 画一个质粒
18.2.1问题描述
18.2.2Python会话示例
18.3命令的含义
18.3.1创建一个图像
18.3.2读和写图像
18.3.3坐标
18.3.4绘制几何形状
18.3.5旋转图像
18.3.6添加文本标记
18.3.7颜色
18.3.8辅助变量
18.4示例
18.5自测题
第四部分小结
第五部分Biopython
第19章使用序列数据
19.1本章知识点
19.2案例: 如何将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列, 并把它写入
FASTA文件
19.2.1问题描述
19.2.2Python会话示例
19.3命令的含义
19.3.1Seq对象
19.3.2把序列当成字符串工作
19.3.3MutableSeq对象
19.3.4SeqRecord对象
19.3.5SeqIO模块
19.4示例
19.5自测题
第20章从网络资源中检索数据
20.1本章知识点
20.2案例: 在PubMed中用关键词搜索文献, 下载并解析对应的记录
20.2.1问题描述
20.2.2Python会话示例
20.3命令的含义
20.3.1Entrez模块
20.3.2Medline模块
20.4示例
20.5自测题
第21章使用三维结构数据
21.1本章知识点
21.2案例: 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标
21.2.1问题描述
21.2.2Python会话示例
21.3命令的含义
21.3.1Bio.PDB模块
21.3.2SMCRA结构层次
21.4示例
21.5自测题
第五部分小结
第六部分编 程 秘 笈
编程秘笈1: PyCogent库
编程秘笈2: 反向互补和化序列
编程秘笈3: 用概率创建序列
编程秘笈4: 用Biopython解析多序列联配
编程秘笈5: 从多序列联配中计算共有序列
编程秘笈6: 计算系统发生树的节点间的距离
编程秘笈7: 核苷酸序列的密码子频率
编程秘笈8: 解析Vienna格式的RNA二级结构
编程秘笈9: 解析BLAST的XML输出
编程秘笈10: 解析SBML文件
编程秘笈11: 运行BLAST
编程秘笈12: 访问、 下载和读取网页
编程秘笈13: 解析HTML文件
编程秘笈14: 将PDB文件分割成PDB链文件
编程秘笈15: 在PDB结构上找到两个靠近的Cα原子
编程秘笈16: 提取两个PDB链间的界面
编程秘笈17: 用Modeller建立同源模型
编程秘笈18: 用ModeRNA分析RNA三维同源模型
编程秘笈19: 从三级结构计算RNA碱基配对
编程秘笈20: 结构重叠的真实实例: 丝氨酸蛋白酶催化三分子
附录
附录A命令概览
附录BPython资源
附录C记录样板
附录D处理目录和用UNIX编程

作者介绍


Allegra Via,意大利罗马大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学,在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。 Allegra Via,意大利罗马大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学,在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。

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Article category:内科外科·医药卫生

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